Brian Thompson, né le 5 mars 1962, est un navigateur britannique. Il se fait connaître en 1992 en remportant, en classe V, l'Ostar (Transat anglaise) sur son propre trimaran Transient, avec un record de traversée dans sa catégorie.
Il navigue ensuite beaucoup sur multicoques, notamment avec l'Américain Steve Fossett, avec qui il participe au record du tour du monde à la voile en 2004. En 2005, il remporte l'Oryx Quest, course autour du monde en équipage, sur Doha 2006 (ex-Club Med). En 2006, il gagne la Volvo Ocean Race dans l'équipage de Mike Sanderson sur ABN AMRO One, et termine la même année sixième de la Route du Rhum en IMOCA.
Il prend la cinquième place du Vendée Globe 2008-2009 sur l'IMOCA Bahrain Team Pindar. En janvier 2012, il est barreur et régleur de Loïck Peyron sur le maxi-trimaran Banque Populaire V, vainqueur du Trophée Jules Verne en 45 jours 13 heures 42 minutes ; il devient alors le premier Britannique à avoir bouclé quatre tours du monde sans escale.
En 2013, il rejoint MGI comme directeur de la voile et co-skippe avec Mike Gascoyne le Class40 Caterham Challenge sur la Transat Jacques Vabre.