Né le 11 juillet 1974, Jonny Malbon est diplômé de l'Université de Greenwich. Moniteur de voile, de kayak et de windsurf, il a travaillé aux côtés de Chay Blyth sur le Global Challenge, où il s'occupait de la formation des équipages.
Il a longtemps été préparateur de bateaux pour Mike Golding, Ellen MacArthur, Dee Caffari et Brian Thompson, ce qui lui a donné une bonne connaissance des 60 pieds IMOCA. En 2005, il a participé à l'Oryx Quest comme équipier de Brian Thompson sur le catamaran Doha 2006.
Il est ensuite devenu skipper de l'IMOCA Artemis Ocean Racing, puis a pris le départ du Vendée Globe 2008-2009 sur Artemis Ocean Racing II, dessiné par Simon Rodger. Après une collision avec une baleine, il a abandonné au sud de la Nouvelle-Zélande à cause d'une grave avarie de grand-voile.