Né à Saint-Martin-d'Hères, Sidney Gavignet découvre la voile à 14 ans à L'École en bateau. Il s'entraîne en Tornado, devient vice-champion de France en 1991, puis embarque avec Éric Tabarly sur la Whitbread 1993-94 et avec Marc Pajot en Coupe Louis-Vuitton 1995.
Il gagne la Transat Québec-Saint-Malo 1996 sur Corum et le Tour de France à la voile sur E.Leclerc. Il est ensuite chef de quart sur Assa Abloy (2e de la Volvo Ocean Race 2001-02) et barreur sur ABN AMRO 1 en 2005.
Recruté en 2009 par Oman, il skippe les multicoques d'Oman Sail. Sur sa première Route du Rhum, en 2010, il abandonne avec le trimaran Oman Air Majan ; en 2014, il termine 5e de la course à bord du MOD70 Musandam-Oman Sail, avec lequel il avait pris la 2e place de la Transat Jacques Vabre 2013 aux côtés de Damian Foxall. En 2017 il court en Class40 sur Free Dom, puis quitte Oman Sail.
Il remporte la Route du Rhum 2018 en Rhum Mono sur Café Joyeux, sa troisième participation. À 57 ans, il revient sur l'épreuve en 2026 dans la catégorie Vintage Mono, à bord du Cigare Rouge.
